Den overordnede ledelse af KommuneKredit varetages af en bestyrelse. Bestyrelsen har 10 medlemmer, hvoraf 6 vælges af kommunerne og 2 vælges af regionerne, samt 2 uafhængige medlemmer med kvalifikationer indenfor regnskabsvæsen eller revision.
For valgperioden 2018-2022 består bestyrelsen af følgende medlemmer:
- Byrådsmedlem og tidligere borgmester Lars Krarup, Herning Kommune, Formand
- Borgmester Thomas Lykke Pedersen, Fredensborg Kommune, Næstformand
- Regionsrådsmedlem Martin Geertsen, Region Hovedstaden
- Viceadm. direktør Kaj V. Holm, Øresundsbro Konsortiet, uafhængigt medlem
- Borgmester Mikael Klitgaard, Brønderslev Kommune
- Borgmester Erik Lauritzen, Sønderborg Kommune
- Regionsrådsmedlem Leila Lindén, Region Hovedstaden
- Kommunalbestyrelsesmedlem og tidligere borgmester Erik Nielsen, Rødovre Kommune
- Kommunalbestyrelsesmedlem og tidligere borgmester Hans Toft, Gentofte Kommune
- Birgit Aagard-Svendsen, uafhængigt medlem (indvalgt pr. 1. juni 2020)
På det konstituerende møde den 1. juni 2018 blev Lars Krarup valgt som formand for bestyrelsen i perioden 1. juni 2018 til 31. maj 2022. Og Thomas Lykke Pedersen blev valgt til næstformand.