Den overordnede ledelse af KommuneKredit varetages af en bestyrelse. Bestyrelsen har 10 medlemmer, hvoraf 6 vælges af kommunerne og 2 vælges af regionerne, samt 2 uafhængige medlemmer med kvalifikationer indenfor regnskabsvæsen, revision, økonomi- eller risikostyring.
På det konstituerende møde den 1. juni 2018 blev Lars Krarup valgt som formand for bestyrelsen i perioden 1. juni 2018 til 31. maj 2022. Og Thomas Lykke Pedersen blev valgt til næstformand.
